淋球菌的形態(tài)與腦膜炎雙球菌相似，呈園形，卵園形或腎形，常成對排列，鄰近面扁平或略凹陷，大小為0.6μm×0.8μm，革蘭氏染色陰性，呈粉紅色。美藍(lán)染色呈藍(lán)色。急性期病人淋球菌常見于分泌物白細(xì)胞的細(xì)胞內(nèi)，而慢性期多在白細(xì)胞外。淋球菌的抵抗力較弱，怕干燥，喜歡在潮濕、溫度為35~36℃、含2.5%-5%二氧化碳環(huán)境中生長。在完全干燥的環(huán)境中只能存活1~2小時,在微濕的衣褲、毛巾、被褥中能生存18-24小時，而在50℃時僅存活5分鐘。淋球菌對常用的殺菌劑抵抗力很弱，1：4000硝酸銀7分鐘可將其殺死，在1%的石碳酸內(nèi)3分鐘死亡。

　　淋球菌的外膜由脂多糖、外膜蛋白及菌毛組成，且有寄生和致病作用。

　　菌毛（Pili）由多肽組成，有抗原性，其終端的氨基酸排列較恒定，而中段及羧基端的氨基酸排列順序常發(fā)生改變而決定不同菌株的菌毛的抗原多樣性。菌毛與淋球菌的粘附性有關(guān)，同時也有抑制白細(xì)胞吞噬的作用。培養(yǎng)20小時的菌落，其細(xì)胞表面具有菌毛，具有傳染性。菌落衰老時菌毛亦消失，接種尿道不產(chǎn)生尿道炎。

　　淋球菌的外膜蛋白至少有三種，其中蛋白I為主蛋白，占外膜蛋白的60%，不同淋球菌的蛋白I的抗原性不同。該抗原性質(zhì)穩(wěn)定，故可以以此制成單克隆抗體對淋球菌進行血清學(xué)分型。它以兩種形式表達即PIA和PIB。它可在細(xì)胞膜上形成孔道。使水溶性物質(zhì)、其他對細(xì)菌代謝有重要作用的物質(zhì)及某些抗生素可通過細(xì)胞膜進入細(xì)胞內(nèi)。蛋白Ⅱ與淋球菌同人類上皮細(xì)胞、白細(xì)胞的粘合及細(xì)胞間的粘合有關(guān)，具有熱修飾性。蛋白Ⅲ具有還原修飾性，又稱Rmp，有強免疫原性，與同種其他奈瑟氏菌有交叉反應(yīng)，能阻斷其他抗體的殺菌作用。近年還發(fā)現(xiàn)有鐵調(diào)節(jié)性蛋白稱Frp，在缺鐵時表達鐵的受體。

　　脂多糖為淋球菌重要的表面結(jié)構(gòu)之一，為淋菌的內(nèi)毒素，與粘膜下和體內(nèi)補體協(xié)同引起炎癥反應(yīng)、與淋球菌的毒力、致病性和免疫性有關(guān)。現(xiàn)已鑒定6種抗原性不同的淋球菌脂多糖。